UNIX/Linux や Mac では nkf があれば、 文字／改行コードの変換はできるのですが、あるディレクトリにあるファイルを一括で変換する場合は 以下のようにすればよいようです。 
find . -type f | xargs -n 10 nkf -w -Lu --overwrite
　上記の例は、文字コードは UTF-8 に、改行コードは UNIX 改行コード (LF) に変換する場合です。
# nkf の他のオプションについては man をたたきましょう d(^^;

　Windows では以前から KanjiTranslator を愛用していますが、 良さそうなのがもう一つ、窓の杜 で紹介されていました。

「 大量のテキストの文字・改行コードをまとめて判定・変換できる『 FileCode Checker 』」 （ 窓の杜 より）

　これが紹介されていたので、ちょっと思い立って、 文字／改行コードの一括変換方法をまとめておきました。

　世のため人のためというよりは、九分九厘自分のためのまとめです (^^;A まさおのブログ (表) 「 ファイルの文字コードを一括変換 (find, nkf, xargs) 」
Ellinikonblue.com Weblog
「 UNIX/Linux で文字／改行コード変換」
「 KanjiTranslator v1.6 」